Japanske križaljke u boji puno je lakše riješiti od crno-bijelih. Štoviše, što više različitih boja, to je lakše. Ne smije biti praznog prostora između redova ćelija različitih boja u nizu, zbog čega se algoritam rješavanja malo razlikuje od principa rješavanja klasičnih japanskih križaljki.